Laboratorium Ilmu Pengetahuan Alam (IPA) di MTs Al Ma’had An Nur digunakan untuk kegiatan praktikum, eksperimen, dan penelitian sederhana dalam bidang fisika, biologi, dan kimia. Laboratorium ini menjadi sarana penting untuk menunjang pembelajaran sains secara langsung, sehingga siswa tidak hanya memahami teori tetapi juga dapat membuktikannya melalui kegiatan observasi dan percobaan.