Toilet merupakan fasilitas sanitasi dasar yang mendukung kebersihan, kesehatan, dan kenyamanan warga madrasah, keberadaan toilet yang memadai dan bersih dibutuhkan karena secara tidak langsung dapat mendukung kondusivitas pembelajaran, madrasah memiliki toilet yang diperuntukkan guru karyawan dan siswa yang terpisah antara laki-laki dan perempuan.